A história da Base Aérea de Anápolis – BAAN, localizada próxima à cidade homônima no Estado de Goiás, confunde-se com a operação das aeronaves AMD-BA Mirage IIIEBR (designados de F-103) pela FAB.
Com a aquisição dos F-103, decidiu-se pela criação da ala de defesa aérea, responsável pela operação dos aviões e pelo suporte ao mesmo. Para abrigá-la, foi criada a Base Aérea de Anápolis, através do Decreto Nº 67.203, de 15 de setembro de 1970; mas a sua ativação se daria, apenas, quase dez anos depois.
Em 9 de fevereiro de 1972, foi ativado o Núcleo da 1ª Ala de Defesa Aérea – NuALADA, dando-se início à construção da pista e outras instalações necessárias à operação dos Mirage. O NuALADA foi desativado após alguns meses e em 23 de outubro de 1972 foi ativada a 1ª Ala de Defesa Aérea – 1ª ALADA, a qual teve a responsabilidade de operar os F-103 até a sua desativação, em 19 de abril de 1979. As partes administrativa, de segurança e de apoio às operações aéreas foram transferidas para a BAAN, ativada nesse mesmo dia.
A parte operacional – pilotos, pessoal de manutenção e aeronaves F-103 – da 1ª ALADA foi transferida para o 1º Grupo de Defesa Aérea – 1º GDA, criado no dia 11 de abril de 1979, e ativado no dia 19 de abril de 1979.
A BAAN foi a primeira base na FAB a ser planejada para a operação de uma aeronave específica. Sua missão é administrar e manter os recursos necessários à realização das operações aéreas de defesa aérea atribuídas ao 1º GDA.
No ano de 2000, a BAAN passou a abrigar o Núcleo do 2º/6º GAV. Essa unidade aérea opera, atualmente, as aeronaves EMBRAER E-99 de vigilância aérea e R-99 de sensoriamento remoto.
Em 2016, o 1º/6º GAV foi transferido para a BAAN, onde permaneceu até a sua desativação, em dezembro de 2021.
Em 2018, foi transferido para a BAAN o 1º Grupo de Transporte de Tropa, o qual opera aeronaves de transporte multimissão KC-390.