A Base Aérea de Florianópolis – BAFL é localizada na cidade de mesmo nome, capital do Estado de Santa Catarina. A missão da Base é a de proporcionar o apoio administrativo às unidades sediadas, bem como às frações de unidades militares que estejam operando nela deslocadas; sua finalidade é a de representar os interesses do Ministério da Aeronáutica naquele estado, proporcionando ainda a divulgação dos ideais da Força Aérea Brasileira, auxiliando no desenvolvimento da região.
A Base pode traçar sua descendência do antigo Centro de Aviação Naval, criado a 10 de maio de 1923, para atender às atividades da antiga Aviação Naval. Devido à sua posição geográfica, o antigo Centro foi utilizado como escala pelos pioneiros pilotos franceses Mermoz, Saint-Exupéry e Guillomet em seus voos transatlânticos – “Correio do Sul” – transportando correspondências entre o Velho e o Novo Mundo.
Com a criação do Ministério da Aeronáutica em janeiro de 1941 e da Força Aérea Brasileira a 22 de maio do mesmo ano, o Centro de Aviação Naval passou a ser denominado Base Aérea de Florianópolis nesse memorável dia.
A 15 de novembro de 1942 foi criado o 14º Corpo de Base Aérea, a fim de suprir a Base com os elementos necessários ao seu funcionamento. A BAFL foi classificada como Base Aérea de 2ª Classe no dia 21 de agosto de 1944.
Durante a IIª Guerra Mundial, duas aeronaves de bombardeio Focke-Wulf 58 “Weihe”, dois anfíbios Grumman J4F-2 “Duck” e um Consolidated PBY-5 “Catalina” foram sediados na BAFL e operaram em missões de patrulha marítima e proteção a comboios ao longo da costa sul do Brasil. Cabe lembrar que, se os dois primeiros tipos de aeronave não eram os mais adequados àquelas missões, certamente contribuíram para a diminuição dos ataques submarinos alemães, pela sua simples presença sobre o mar.
Após a guerra, a Base teve sua designação alterada no dia 1º de outubro de 1947, para Destacamento de Base Aérea de Florianópolis. Finalmente, a 30 de dezembro de 1970, a Base passou a ter a sua designação atual.