O 4º Esquadrão de Transporte Aéreo (4º ETA) foi criado a 12 de maio de 1969.
Inicialmente sob controle operacional do extinto Comando de Transporte Aéreo, o 4º ETA foi sediado nas instalações da antiga Seção de Aviões do QG da 4ª Zona Aérea, situado no aeródromo do Campo de Marte, na cidade de São Paulo. Posteriormente, já subordinado ao IV Comando Aéreo Regional, o esquadrão foi transferido para a Base Aérea de São Paulo, em Cumbica.
O 4º ETA foi a unidade aérea responsável pela execução das tarefas de transporte aéreo no âmbito do IV COMAR, e mantém-se adestrado para a realização das suas missões, incluindo o apoio às unidades das Forças Armadas, o auxílio às populações carentes e fazendo-se presente nas regiões de fronteira do Brasil.
Em 10 de janeiro de 2018, o 4º ETA foi desativado, e seu efetivo foi incorporado ao do 3º ETA.